Pacjenci kwalifikowani są do leczenia na podstawie badania lekarskiego oraz dodatkowych badań – tomografii komputerowej i badania endoskopowego. Obecnie FESS stanowi jedną z głównych metod leczenia przewlekłego zapalenia zatok przynosowych (PZZP). Jest ona oparta na całkowicie odmiennym założeniu niż dotychczas stosowane radykalne metody leczenia PZZP. Obserwacje kliniczne wykazały, że rozwinięcie się procesu zapalnego w obrębie zatoki szczękowej lub czołowej jest z reguły następstwem upośledzenia ich wentylacji i drenażu. Mimo że objawy chorobowe wskazują na stan zapalny toczący się w dużych zatokach, bezpośrednia przyczyna odpowiedzialna za ten proces znajduje się w przewodzie nosowym środkowym w obrębie tzw. kompleksu ujściowo-przewodowego. Te struktury anatomiczne warunkują prawidłowe upowietrznienie zatok oraz sprawność mechanizmu śluzowo-rzęskowego. Podstawowym celem czynnościowej mikrochirurgii wewnątrznosowej zatok przynosowych jest przywrócenie ich wentylacji i drenażu. Istota zabiegu FESS polega na bardzo ograniczonej interwencji chirurgicznej w obrębie bocznej ściany jamy nosa, w wyniku której powinna zostać usunięta przyczyna odpowiedzialna za powstały proces zapalny.
Celem zabiegu chirurgicznego jest również wytworzenie trwałego połączenia między jamami nosa a zatokami w miejscu ich naturalnych ujść. Leczenie ma charakter przyczynowy. W czasie zabiegu dąży się do możliwie oszczędnego usuwania zmienionej chorobowo błony śluzowej z jam zatok, naturalnych przejść do jam nosa oraz z rejonu kompleksu ujściowo-przewodowego. W wyniku takiego postępowania zostają stworzone warunki do regeneracji zmienionej zapalnie błony śluzowej, a w konsekwencji do przywrócenia transportu śluzowo-rzęskowego. Czynnościowa mikrochirurgia endoskopowa przewlekłego zapalenia zatok stała się techniką operacyjną z wyboru i w zasadzie pozwala w większości przypadków zastąpić klasyczne techniki operacyjne z dostępu zewnętrznego. Pozwala na interwencję chirurgiczną w jamach zatok przynosowych w początkowym okresie trwania procesu zapalnego. Jest ograniczona wyłącznie do miejsca chorobowo zmienionego i umożliwia wczesne leczenie przyczynowe. Korzyści wynikające z zastosowania mikrochirurgii wewnątrznosowej zatok przynosowych to:
bezpieczne usunięcie ogniska chorobowego przeprowadzone bezpośrednio pod kontrolą wzroku
możliwość pozostawienia w obrębie operowanej błony śluzowej ograniczonych ognisk zmienionych chorobowo, które w następstwie przywrócenia warunków fizjologicznych w zatoce ulegną samoistnej regeneracji
możliwość zachowania nienaruszonych struktur anatomicznych, które nie są objęte procesem chorobowym
uniknięcie zewnętrznych cięć skóry i błony śluzowej
krótki czas hospitalizacji chorego.
Zabiegi endoskopowe przeprowadzane są całkowicie wewnątrznosowo i w znieczuleniu ogólnym. Po zabiegu zakładany jest opatrunek do obu jam nosa opatrunek wchłanialny.